藥學部始建于1970年。秉承著以病人為中心的宗旨，緊隨著醫院改革發展的步伐，科室從建立初期只有5人的藥房，發展為現有藥學人員113人（其中高級職稱19人，中級職稱30人，具有博士2人，碩士研究生學歷22人）的集藥品供應管理、臨床藥學服務、藥學教育與科研為一體并具有藥品監督管理職能的醫技職能部門。藥學部下設臨床藥學科，靜脈用藥配置中心，藥品供應調配中心等亞?？?，主要負責全院藥品采購供應、臨床合理用藥、藥學科研、教學以及醫院藥事監督管理等任務。

藥學部積極推進智慧藥房信息化建設，2015年引進粵西地區首臺全自動擺藥機、2016年引進粵西首臺全自動整盒發藥機及智能藥架，2019年建立湛江地區首家靜脈用藥調配中心，同年引進了“智慧藥學平臺”信息管理系統，大幅提高醫院藥房的工作效率和質量，實現自動化藥品管理?，F門診西藥房日調劑處方量最高達近7000張，中心藥房保障全院3000余張床位住院患者的藥品供應，靜脈用藥配置中心業務逐步擴大，覆蓋全院17個科室（病區），完成我院絕對大部分抗腫瘤藥物和部分腸外營養液的配置。2021年，開展中藥（膏方）個性化用藥調配，次年引進中藥配方顆粒，大大提升我院了中醫藥服務能力。同時積極開展“以患者為中心”的臨床藥學工作，覆蓋通科藥學、抗感染藥物專業、心血管內科專業、抗腫瘤藥物專業、內分泌藥物專業、呼吸與重癥醫學專業、小兒用藥專業、危重醫學9個專業，參與臨床查房、會診，開展臨床合理用藥監控，上報藥品不良反應，并向臨床提供藥學咨詢、用藥教育、藥學科普等。多次被廣東省藥品監督管理局評為“廣東省藥品不良反應監測工作表現突出單位”等。2022年我院獲批中華醫學會臨床藥學分會臨床藥師學員培訓中心，為湛江市及周邊地區培養高質量、高水平的臨床藥學人才。

2018年11月，我院藥學門診正式開診，為市民提供個體化用藥指導和建議。臨床藥學教研室成立十余年，承擔藥學研究生、本科生理論教學與實習帶教工作，教學經驗豐富，全體教師共同探索教學新模式、新思路，努力實現教風和教學質量雙提升。藥學部積極開展藥學科研，先后獲得省、市科技成果獎5項、立項課題20余項，為粵西地區醫療機構藥師搭建交流學習平臺，展現我院藥學部在粵西地區較高的藥學學科水平和地位。

多位藥學專家擔任省市級以上學術團體主任委員、副主任委員。藥學部多次舉辦/承辦粵西地區藥學學術會議，為粵西地區醫療機構藥師搭建交流學習的平臺，展現了我院藥學部在粵西地區較高的藥學學科水平和地位。近年來，藥學部本著以患者為中心的思想，向大眾科普正確的用藥知識，并斬獲多個藥學類科普大賽獎項。藥學部承擔碩士研究生、本科學生的教學工作。